Вопрос: Вправе ли ООО — резидент «Сколково», применяющее освобождение от НДС, выставлять счет-фактуру с выделенным НДС? Если да, то каковы последствия? Не потеряет ли ООО право на освобождение от уплаты НДС?
Ответ: ООО вправе выставить счет-фактуру с выделенной суммой НДС. В таком случае необходимо уплатить НДС, а также представить налоговую декларацию по НДС не позднее 25-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором произведена реализация товаров (работ, услуг) с начислением НДС. Право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, ООО не потеряет.
Обоснование: Организация, получившая статус участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом от 28.09.2010 N 244-ФЗ «Об инновационном центре «Сколково» либо участника проекта в соответствии с Федеральным законом от 29.07.2017 N 216-ФЗ «Об инновационных научно-технологических центрах и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации», имеет право на освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (далее — освобождение), в течение десяти лет со дня получения ею статуса участника проекта в соответствии с указанными Федеральными законами (п. 1 ст. 145.1 Налогового кодекса РФ).
Законодательством не запрещено выставлять счет-фактуру с выделенным НДС организациям, применяющим освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика НДС, однако в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога лицами, не являющимися налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, необходимо исчислить сумму налога, подлежащую уплате в бюджет.
При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг) (п. 5 ст. 173 НК РФ).
Лица, указанные в п. 5 ст. 173 НК РФ, обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию по установленному формату в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота в срок не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом (п. 5 ст. 174 НК РФ).
Уплата налога лицами, указанными в п. 5 ст. 173 НК РФ, производится по итогам каждого налогового периода исходя из соответствующей реализации товаров (работ, услуг) за истекший налоговый период не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом (п. 4 ст. 174 НК РФ).
Таким образом, организация, применяющая освобождение от НДС и выставившая счет-фактуру с выделенным НДС, должна исчислить и уплатить налог, а также представить налоговую декларацию не позднее 25-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором произведена реализация товаров (работ, услуг).
К вычету НДС принять не получится, так как на это имеют право только налогоплательщики, а в данном случае организация применяла освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, и не отказывалась от него (п. 5 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33 «О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость»).
Так, участник проекта, который направил в налоговый орган уведомление об использовании права на освобождение (о продлении срока освобождения), вправе отказаться от освобождения, направив соответствующее уведомление в налоговый орган по месту своего учета в качестве участника проекта в срок не позднее 1-го числа налогового периода, с которого участник проекта намерен отказаться от освобождения.
Такой отказ возможен только в отношении всех осуществляемых участником проекта операций.
Не допускается освобождение или отказ от него в зависимости от того, кто является покупателем (приобретателем) соответствующих товаров (работ, услуг).
Участнику проекта, отказавшемуся от освобождения, оно повторно не предоставляется (п. 4 ст. 145.1 НК РФ).
Что касается потери права на освобождение, то все случаи утраты права на освобождения перечислены в п. п. 2, 2.1 ст. 145.1 НК РФ и среди этих норм нет такого основания, как выставление счета-фактуры с выделенным НДС. Таким образом, право на освобождение в связи с выставлением счета-фактуры с выделенным НДС организация не потеряет.
Согласно абз. 4 п. 4 ст. 145.1 НК РФ право на применение освобождения повторно не предоставляется только участнику проекта, отказавшемуся от освобождения.
В связи с этим в иных случаях, в том числе получения организацией статуса участника проекта повторно, организация имеет право на повторное применение освобождения от обязанностей налогоплательщика НДС (Письмо Минфина России от 27.03.2020 N 03-01-11/24474).
