Организации и предприниматели – плательщики НДС обязаны восстановить налог, ранее принятый к вычету:

1) при передаче имущества, нематериальных активов, имущественных прав в качестве вклада в уставный (складочный) капитал. Это же правило относится к вкладам по договору инвестиционного товарищества, паевым взносам в фонды кооперативов, а также передаче недвижимого имущества на пополнение целевого капитала некоммерческой организации. Исключение – некоторые вклады в управляющие компании особых экономических зон;

2) перед началом использования освобождения от уплаты НДС;

3) по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам, нематериальным активам и имущественным правам, которые изначально приобретены для операций, облагаемых НДС, а затем использованы:

• в операциях, перечисленных в статье 149 НК;
• в операциях, местом реализации которых Россия не является;
• в других операциях, которые не признаются реализацией (перечислены в п. 2 ст. 146 НК).

4) при переходе с общей системы налогообложения на упрощенку, ЕНВД и патентную систему налогообложения;

5) при получении товаров, работ, услуг, в счет поставки которых был уплачен аванс, а также при возврате аванса поставщиком (исполнителем);

6) при уменьшении стоимости или количества полученных товаров, работ, услуг, имущественных прав, в том числе в результате снижения цены продавцом (исполнителем);

7) в некоторых случаях при получении субсидий или инвестиций из бюджетов любого уровня.

Об этом сказано в пункте 3 статьи 170, статье 171.1 НК.

Восстанавливать НДС не нужно в следующих операциях:

1) передача имущества или имущественных прав правопреемнику при реорганизации. Исключение действует, если правопреемник является плательщиком НДС. Если правопреемник применяет специальные налоговые режимы, НДС, принятый к вычету реорганизованной организацией, должен быть восстановлен;

2) передача имущества участнику договора простого или инвестиционного товарищества (его правопреемнику), если происходит выдел его доли из имущества, находящегося в общей собственности участников договора, или раздел такого имущества;

3) выполнение работ (оказание услуг) за пределами России российскими авиационными предприятиями в рамках миротворческой и гуманитарной деятельности;

4) безвозмездная передача некоммерческой организации, участвующей в подготовке и проведении чемпионата мира FIA «Формула-1», имущества, необходимого для проведения шоссейно-кольцевых автомобильных гонок.

Порядок зависит от условий, предусмотренных в документах о выделении субсидий или инвестиций. Налог восстанавливайте, если бюджетные средства выделили на возмещение затрат по оплате приобретенных товаров, работ, услуг или имущественных прав с учетом НДС, а также на возмещение затрат по уплате НДС при ввозе товаров в Россию. Такой же порядок применяйте, если в документах на выделение бюджетных средств не сказано, на какой вид возмещения затрат они предоставлены: с учетом НДС или без учета НДС. Если прямым текстом не прописано, что субсидия выделена на затраты без учета НДС, то налог придется восстановить. Это следует из подпункта 6 пункта 3 статьи 170 НК. Он применяется с 1 января 2019 года. До этой даты при получении бюджетных субсидий или инвестиций действовал другой порядок учета НДС.

Если покупку с учетом НДС организация частично оплатила за счет бюджетных средств, входной налог можно принять к вычету только в соответствующей доле. Чтобы рассчитать эту долю, разделите общую стоимость покупок с учетом входного или ввозного НДС на сумму субсидий или бюджетных инвестиций, которую потратили на покупки.

В документах на выделение бюджетных средств предусмотрено финансирование затрат без учета НДС? Тогда входной налог со стоимости приобретений не восстанавливайте. Аналогичное правило применяйте, если организация получила субсидию или бюджетную инвестицию на покупку импортных товаров без учета ввозного НДС и это напрямую прописано в документах. Такой порядок следует из подпункта 6 пункта 3 статьи 170 НК. Он действует с 1 января 2019 года. До этой даты действовал другой порядок учета НДС.

Внимание: если в документах на выделение бюджетных средств не указаны конкретные товары, работы, услуги или имущественные права, необходимо вести их раздельный учет. Если организация не ведет раздельный учет ресурсов, приобретенных за счет бюджетных субсидий или инвестиций, входной НДС, принятый к вычету по этим ресурсам, восстановите по правилам подпункта 7 пункта 3 статьи 170 НК. Иначе при проверке это сделает налоговая инспекция. Раздельный учет не нужен, если в документах о субсидиях или бюджетных инвестициях определены конкретные товары, работы, услуги или имущественные права, на покупку которых государство предоставило бюджетные средства.

Такой порядок следует из положений пункта 3 статьи 170 НК. О порядке восстановления НДС в перечисленных ситуациях см. Как восстановить входной НДС, ранее принятый к вычету.